Unter der schützenden Hand König Ludwigs erholte sich die Provinz wieder langsam von den Verlusten. So gründete er 1845 den Konvent Oggersheim. Schon im Jahre 1775 hatte die Fürstin Elisabeth Augusta von Oggersheim dort ein kleines Marienheiligtum erbauen lassen. Später ließ sie darüber eine tempelartige Kirche zu Ehren der Aufnahme Mariens in den Himmel errichten. Die Betreuung der Kirche lag zunächst in den Händen der Jesuiten, später in den Händen der Kapuziner. Nachdem aber diese Ordensleute durch die geschilderten Zeitumstände vertrieben waren, holte König Ludwig die Franziskaner-Minoriten an diese Wallfahrtsstätte.
Durch das Hinzukommen weiterer Konvente - Hal (Belgien, 1842), Urmond (Holland, 1854) und Ravengiersburg (1854) - wuchs die Oberdeutsche Provinz wieder auf acht Konvente an. Beim Generalkapitel in Rom 1857 erhielt die Provinz den fast schon in Vergessenheit geratenen Namen "Provincia Argentina" und wurde gleichzeitig in drei Kustodien aufgeteilt. Zur bayerischen Kustodie gehörten die Konvente Würzburg, Schönau, Oggersheim und Ravengiersburg, zur Schweizerischen Kustodie Fribourg und Solothurn und zur Belgischen Kustodie Hai und Urmond.´
In den Jahren unmittelbar anschließend entstanden die Konvente Linz (1858), Spabrücken (1862), Brüssel (1862) und Schwarzenberg (1866). Letzterer trat dabei an die Stelle des 1864 verloren gegangenen Solothurn. Die Tradition des Konventes Schwarzenberg reicht zurück bis in die Anfänge des 18. Jahrhunderts. Nachdem die Franziskaner vom Zweig der Rekollekten schon im 17. Jahrhundert Großes im Kampf gegen die Häresie geleistet hatten, gab ihnen der Fürst von Schwarzenberg die Erlaubnis, einen Konvent in der Nähe der fürstlichen Burg zu bauen. 1702 war der erste Trakt bewohnbar und es folgten zwei weitere Flügel in den Jahren 1731 und 1732. 1743 erbauten die Brüder in geringer Entfernung vom Konvent eine Kapelle zu Ehren der allerseligsten Jungfrau Maria. Im Zuge der Säkularisation wurde dieser Konvent 1806 völlig von seiner Provinz "Thuringia" isoliert. 1835 schloss König Ludwig den Konvent der bayerischen Provinz der Reformaten an. 1866 kaufte der Pfarrer von Scheinfeld diesen Konvent und gab ihn den Konventualen von Würzburg, die sich sofort der Seelsorgsaufgaben und Aushilfen annahmen.
Im Jahr 1871 verselbständigten sich die Konvente Hai, Urmond und Brüssel und bildeten nunmehr eine von der Oberdeutschen unabhängige Holländisch-belgische Provinz. Es blieben die Bayerische und die Schweizer Kustodie, die künftig Fränkische und Rheinische Kustodie genannt wurden.
Durch den Preußischen Kulturkampf (1874), dem die Konvente Ravengiersburg, Linz und Spabrücken zum Opfer fielen, verringerte sich die Zahl der Konvente auf fünf. Ausgeglichen wurde dieser Verlust bald durch einige Neugründungen:
Der Konvent Maria Eck wurde 1892 von Bruder Totnan Seehuber als Marienwallfahrtsort gegründet. Das große Grundstück gehörte einstmals den Benediktinern von Seeon und wurde im Laufe der Säkularisation verkauft. 1891 sollte es nun wieder seiner ehemaligen, religiös ausgerichteten Bestimmung übergeben werden.
Im Jahre 1901 gründete Martin Jäger den Konvent Reisbach, der sich bewusst als kleiner, bescheidener Konvent in die Provinz eingliederte. 1931 übernahm er die Kaplanstelle in Reisbach.
Das Gründungsjahr des Konventes Neustadt ist das Jahr 1925. Auf Wunsch der Stadtverwaltung errichteten die Konventualen in der Nähe des Heiligtums des heiligen Felix, das schon vor der Säkularisation existiert hatte und von Kapuzinern betreut worden war, einen neuen Konvent. Die Betreuung des Heiligtums als Wallfahrtsstätte sowie die Kaplansdienste waren zunächst die Hauptaufgabe dieser neuen Gemeinschaft.
Schließlich entstand auf Drängen des Bischofs von Speyer im Jahr 1926 der Konvent Kaiserslautern. Drei Jahre später erfolgte die Konsekration der zum Konvent gehörigen Gelöbniskirche. Die Hauptaufgabe dieser Gemeinschaft bezog sich auf die Seelsorge.
1917 wurde die Niederlassung Altenberg, die vorher zur Belgischen Provinz gehört harte, von der Oberdeutschen Provinz übernommen, wurde aber bereits im Jahr 1922 aufgelöst.
Auch die Betreuung des Erziehungshauses Burglengenfeld, die der Provinz 1903 von der Bayerischen Regierung übertragen worden war, musste schon 1912 wegen vielfältiger Schwierigkeiten wieder aufgegeben werden.
Eine große Belastung für die Provinz bedeutete in dieser Zeit die Unterstützung der unterdrückten Österreichischen Provinz mit ihren Konventen Wien, Neunkirchen, Asparn und Graz. Doch 1935 konnte diese Provinz wieder verselbständigt werden. Nach vielen Überlegungen wurde auch der Konvent Fribourg 1939 mit den ihm angeschlossenen Häusern verselbständigt und eigenständiger Verwaltung auf Kustodie-Ebene übergeben.
Für die Orientierung über die eigenen Grenzen hinaus gibt ein, freilich begrenztes, missionarisches Wirken Zeugnis. In den Jahren vor dem Ersten Weltkrieg beteiligte sich die Provinz durch die Entsendung einiger Brüder an der 1860 ins Leben gerufenen Missionsarbeit an der Moldau und 1852 in den Vereinigten Staaten von Amerika.
Einzelne Klöster bekamen in den Jahren zwischen den beiden Weltkriegen durch bauliche oder andere Veränderungen ein neues Gesicht. So wurden Konvent und Kirche von Schönau restauriert. 1932 nahm man eine Erweiterung des Konventes Schwarzenberg vor, um dort den Sitz des Noviziates einzurichten. Auch das Kloster Würzburg erhielt anlässlich der 700-Jahr-Feier des heiligen Franziskus einen neuen Akzent durch die Gründung des Seminars Sankt Valentin, eines Schülerheimes innerhalb der Klostermauern. Schon 1932 wurde das Seminar im Schönthalerhof direkt neben dem Kloster neu errichtet, aber durch das Aufkommen des Nationalsozialismus bereits 1941 wieder geschlossen.
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